輸入された12機の内1911/1912の2機が、飛行点検用に改造を受けた。航空自衛隊のフライトチェックと同じ役割を担うものの部隊は独立しておらず、専機隊が運営しているようだ。ＩＮＳ慣性誘導装置など各種の点検機器を搭載している。

友人であるＡｎｎ－Ｚａｉｎｇ氏が2016年10月に台湾遠征した際に立ち寄った松山空軍基地、フォッカー50などＶＩＰ－ｓｑの機体が単体側から撮影できるようだ。Ｆｏｋｋｅｒ-50の奥には、Ｂ-1900Ｃが見える。ビーチ-1900Ｃも1902と1903が健在のようだ。

1997年　政府専用機（行政専機）として　B-737-800　2機の購入が計画されるが　議会での予算がつかず1機だけとなった。当初は、B727-100と同様のマーキングであったが　改装を期に上の写真のようなマーキングに変更。

　Ｂ-727/Ｃ-118/Ｃ-47などを辛抱強く使っていた専機隊も　1980年代後半から　大幅な機種更新を行い、新型機種を次々に導入していった。まず　最も多数機を所有していたＣ-47の代替として　Ｂ-1900を導入、小型ながら19名の人員と860ｋｇの貨物を積み込みが可能なＢ-1900は、充分Ｃ-47の後継機として期待できた。　ただ　不幸なことに1990年8月に1905号機が、副参謀長らの視察で飛行中に墜落　19人全員が死亡するといった痛ましい事故が発生している。
　空軍は、1992年さらに大型のＦ-50型機を3機導入、当初は内1機に改装を施し　総統専用機にする予定であったようだ。しかし　それも様々な設備を装備するには　小さすぎた為諦めた経緯がある。総統専用機は、しばらくＢ-727が代用されたが、4機の内　3機は中華航空、1機はベトナム航空のお古であり　かなりの飛行時間が、消化されていた。1997年5月　2722号機は当時の連戦首相を乗せて飛行中にエンジンの金属疲労からブレードが破損する事故が発生、これを期にＢ-727の引退が決定づけられ　現在はＡ-300-800を使用している。

台湾空軍は、Ｃ-47級以上のの輸送力を持つさらに大型の機体を必要とし　フォッカー社がＦ-27/28の後継として開発したＦ-50を採用。1992年に3機　5001/5002/5003を導入した。タキシー.ウェーで　撮影したが、6枚プロペラの本機は、かなり甲高いプロペラ音であった。50人までのシートが用意できる程　機内は広いが、高級幹部用に運営されているとのなので　一部内部改装されているのかもしれない。

ビーチクラフト社が開発した双発ビジネス機B-1900は、アメリカ空軍でもC-12Jとして人員輸送/連絡等に使用しているが、台湾空軍でも12機を1987年に採用した。用途は、米空軍と同様人員輸送を目的とする。